Jego dobra wola jest niezaprzeczalna, jednak nie posiada on koniecznego wyczucia […]”.
1 listopada 1936 został przeniesiony jako kierownik obozu do Dachau. Na tym stanowisku nie było już żadnych punktów stycznych z wartownikami. W kompetencjach Baranowskiego był obóz jako „zakład" z jego wewnętrznym porządkiem, rozkładem dnia, apelami i warunkami życia aresztowanych.
1 marca 1938 roku Baranowski został Schutzhaftlagerführerem w Sachsenhausen, a 1 maja 1938 roku został komendantem obozu. 15 września 1939 roku za zgodą Heinricha Himmlera zarządził egzekucję Świadka Jehowy – Augusta Dickmanna, pierwszego więźnia rozstrzelanego w III Rzeszy za odmowę pełnienia służby wojskowej. Wkrótce zapadł na śmiertelną chorobę. We wrześniu 1939 roku został zastąpiony przez , którego następnie 1 kwietnia 1940 zastąpił Hans Loritz. Baranowski zmarł w lutym 1940 po długiej chorobie. Jego adiutant w Sachsenhausen, późniejszy komendant KZ Auschwitz-Birkenau Rudolf Höss, wyraził się po wojnie o Baranowskim: „Jako stary przywódca SS i narodowy socjalista był dla mnie wzorem. […] także on miał momenty, w których był dobroduszny, i miał łagodne serce, a przecież był twardy i bezlitosny, ścisły we wszystkich sprawach służbowych.