Od momentu powstania miasto pełniło ważną funkcję komunikacyjną, a w XII wieku było ważnym przystankiem w pielgrzymkach do Ziemi Świętej. W 1222 król Andrzej II wydał tutaj dokument zwany Złotą Bullą, porównywaną do angielskiej Magna Carta.
W 1543 Székesfehérvár dostał się w ręce Turków, którzy przyczynili się do wyludnienia i wyniszczenia miasta. Tureccy najeźdźcy zburzyli większość zabudowań łącznie z katedrą i grobami królewskimi (w świątyni urządzono wcześniej skład amunicji) oraz pałacem królewskim. Miasto znajdowało się pod tureckim panowaniem przez 145 lat (z wyjątkiem krótkiego okresu w 1601, w którym miasto zostało odbite przez Węgrów, po czym ponownie opanowane przez Turków). mały|lewo|Székesfehérvár w 1940 r. Székesfehérvár odrodził się w XVIII wieku, w okresie austriackiego panowania Habsburgów. Oprócz Węgrów w mieście osiedliło się wielu Serbów i Niemców. Wzniesiono wiele nowych budynków, m.in. klasztor Franciszkanów, kościół jezuicki i liczne pałace. W 1777 Maria Teresa Habsburg ponownie ustanowiła w mieście biskupstwo. Z XVIII-wiecznego, ponownego okresu świetności pochodzi barokowa zabudowa śródmieścia. Z początkiem XIX wieku miasto stało się ważnym ośrodkiem edukacyjnym i kulturalnym.