Zwolniono go na mocy kolejnej amnestii we wrześniu 1986.

Po interwencji brytyjskich parlamentarzystów w Warszawie Leszek Moczulski dostał paszport celem leczenia za granicą. W pierwszej połowie 1987 przebywał w Wielkiej Brytanii, Francji, USA i Kanadzie. Spotkał się m.in. z wiceprezydentem USA George’em Bushem, innymi politykami, środowiskami polonijnymi. Wygłosił wykłady na kilku uczelniach, a „The Washington Post” wydrukował jego artykuł.

Nie wziął udziału w rozmowach Okrągłego Stołu, pozostał krytyczny do poczynionych tam ustaleń. Wziął jednak udział w tzw. wyborach kontraktowych, bezskutecznie kandydując jako reprezentant KPN w jednym z krakowskich okręgów, w którym z ramienia Komitetu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie startował Jan Rokita. Leszek Moczulski otrzymał wówczas 20 618 głosów (10,16%).

Działalność w III RP thumb|Grób Leszka Moczulskiego W 1990 wystartował w wyborach prezydenckich. Zajął ostatnie, 6. miejsce, zdobywając 411 516 głosów (2,50%).. W latach 1991–1997 sprawował mandat posła na Sejm I i II kadencji, wybieranego w okręgach krakowskich: nr 33 i nr 21 z ramienia Konfederacji Polski Niepodległej.