Z kościołem na Skałce związana jest historia zmagania się dwóch potęg: świeckiej – króla Bolesława Szczodrego i kościelnej – biskupa krakowskiego Stanisława. W wyniku konfliktu z królem biskup, podając za przekazem Galla Anonima, został skazany w 1079 na obcięcie członków za zdradę, której się dopuścił i zmarł. Dokonać to się miało na Wzgórzu Wawelskim. Według alternatywnej wersji, pozostawionej przez Wincentego Kadłubka, król rozkazał swoim sługom zabicie biskupa w kościele na Skałce w czasie odprawiania przez niego mszy, a gdy ci nie chcieli, sam własnoręcznie zamordował przyszłego świętego. Wersja ta jednak ze względu na moralizatorski charakter kroniki Kadłubka, a także to, że również był biskupem jest mało wiarygodna.
Król musiał opuścić kraj. Kościół uznał biskupa świętym i kanonizował go w 1253. Papież Innocenty IV jako podstawę kanonizacji przyjął cuda czynione nad grobem biskupa. W 750 rocznicę kanonizacji papież Jan Paweł II podniósł kościół na Skałce do rangi bazyliki mniejszej.
Od 1089 zwłoki biskupa spoczywają w katedrze wawelskiej, ale to Skałka jest miejscem jego kultu.