9 listopada 1939 (okres II wojny światowej) został mianowany proboszczem parafii św. Franciszka w Gdańsku-Emaus. Wychowany w rodzinie polskiej, odnosił się w Wolnym Mieście Gdańsku do Polaków z życzliwością, ale nie działał w żadnej z organizacji polonijnych. Ten brak zaangażowania, a także sympatyzowanie z kulturą niemiecką (czego dowodem miały być m.in. naleciałości niemieckie w używanym przez ks. Cymanowskiego języku polskim), zarzuciły mu po II wojnie światowej polskie władze administracyjne w Gdańsku, wnosząc o wydalenie go z miasta. W czerwcu 1946 Cymanowski został przeniesiony do diecezji chełmińskiej, przebywał początkowo u sióstr szarytek w Żurawiej Kępie, a od września tegoż roku administrował parafią Kleszczewo i Krąg w powiecie starogardzkim. Do diecezji gdańskiej powrócił w lipcu 1948, obejmując parafię w gdańskim Brętowie. W 1949 został ponownie proboszczem parafii św. Franciszka w Gdańsku-Emaus, a także konsultorem diecezjalnym i członkiem Rady Administracyjnej diecezji.