Kolejna reorganizacja polskiego lotnictwa wojskowego skutkowała w 3 pułku lotniczym przemianowaniem eskadr „lotniczych” na „liniowe”. Powstały wówczas: I dywizjon liniowy w składzie 31 i 32 eskadra liniowa, II dywizjon liniowy w składzie 34 i 35 eskadra liniowa, III dywizjon myśliwski w składzie 131 i 132 eskadra myśliwska. Dwie ostatnie eskadry powstały na bazie odpowiednio 111 i 112 eskadry myśliwskiej. W tym czasie podniesiono też stan etatowy samolotów z 6 do 10 samolotów. Utworzono też stanowisko komendanta Bazy Lotniczej. Pierwszym komendantem został mjr. obs. Karol Friser.
Wiosną 1929 pułk został włączony w skład 2 Grupy Aeronautycznej, a po jej likwidacji został podporządkowany dowódcy 3 Grupy Aeronautycznej, W składzie 3 Grupy Lotniczej pozostał do 1939 roku.(?)