odniósł duży sukces, samodzielnie zwyciężając w tym bardzo silnie osadzonym turnieju (przed m.in. Władimirem Kramnikiem, Péterem Lékó, Weselinem Topałowem i Michaelem Adamsem), pomimo iż posiadał najniższy ranking wśród uczestników i był teoretycznie najsłabszym zawodnikiem. Został jednocześnie najmłodszym w historii triumfatorem oraz pierwszym niemieckim szachistą, który zwyciężył w tym tradycyjnym turnieju elity. W tym samym roku zwyciężył w silnie obsadzonym turnieju szachów szybkich Dutch Rapid Open w VlaardingenNaiditsch wins Dutch Rapid Open. W 2006 r. zajął IV miejsce na mistrzostwach Europy, rozegranych w Kuşadası7th European Individual Chess Championship 2006. W 2007 r. zwyciężył w mistrzostwach Niemiec, rozegranych w Bad KönigshofenArkadij Naiditsch holt sich den Meistertitel, triumfował również w silnie obsadzonym turnieju otwartym w Baku (przed Wadimem Małachatko, Loekiem van Welym, Aleksiejem Fiodorowem oraz Nigelem Shortem). W 2009 r. podzielił I m. w Deizisau (turniej Neckar-Open, wspólnie z Fernando Peraltą i Axelem Bachmannem). W 2010 r. zwyciężył w Montrealu, natomiast w 2011 r. – w Deizisau. W 2013 r. podzielił I m. (wspólnie z Richárdem Rapportem) w turnieju Tata Steel–B w Wijk aan Zee. W 2014 r.