Dzieła Jego prace dotyczyły głównie topologii, stąd też uważany jest za jednego z twórców warszawskiej szkoły topologii. Jako autor programu rozwoju polskiej matematyki (który stał się podstawą powstania polskiej szkoły matematycznej), postulował koncentrację wysiłków na teorii mnogości, topologii i logice matematycznej. Był współtwórcą pierwszego w świecie wyspecjalizowanego czasopisma matematycznego „Fundamenta Mathematicae”.
W 1915 opublikował „Poradnik dla samouków”, który był zbiorem artykułów wielu polskich uczonych dotyczących zagadnień matematycznych. W dziele tym zamieścił również swój własny cykl rozpraw o matematyce mających umożliwić czytelnikom samokształcenie z tej dziedziny na poziomie uniwersyteckim.
Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości – pośmiertnie 7 lipca 1931 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”
Upamiętnienie 23 listopada 1982 Poczta Polska wprowadziła do obiegu pocztowego znaczek z wizerunkiem Zygmunta Janiszewskiego o numerze katalogowym 2690, o wartości 12 zł (w ramach serii pt.