6 listopada 1939 roku wraz z innym profesorami został aresztowany przez Niemców podczas tzw. Sonderaktion Krakau i przewieziony do obozu koncentracyjnego w SachsenhausenWyrok na Uniwersytet Jagielloński, s. 127–128, Krajowa Agencja Wydawnicza, Kraków 1989, .. Z obozu został zwolniony trzy miesiące później i po powrocie do Krakowa zezwolono mu na wznowienie pracy w krakowskim obserwatorium, przemianowanym na „Krakauer Sternwarte”. Po przybyciu do Krakowa Kurta Waltera, niemieckiego zarządcy komisarycznego obserwatoriów astronomicznych na terenie Generalnego Gubernatorstwa, Banachiewicz został przeniesiony ze stanowiska dyrektora na stanowisko zastępcy (dyrektorem obserwatorium został Kurt Walter). W czasie wojny prowadził konspiracyjne zebrania naukowe oraz wykładał na tajnym uniwersytecie.
Po zakończeniu wojny powrócił na poprzednie stanowisko, obejmując jednocześnie stanowisko profesora geodezji wyższej i astronomii na krakowskiej Akademii Górniczo-Hutniczej (1945–1951). W 1952 r., gdy powstała Polska Akademia Nauk, został jej członkiem. W roku 1953 udało mu się uzyskać pozwolenie na zaadaptowanie dawnego austriackiego fortu (Fort Skała) na podmiejską stację obserwacyjną (obecnie znajduje się tam główna siedziba krakowskiego obserwatorium).