W 1998 roku wprowadzono do produkcji wersję 120MM/2, która zastąpiła model 120MM/1. W 1999 roku zaprezentowano prototyp modelu 120MD, 120M/2 LPG oraz model 120M/3.W 2000 roku model 120M/1 CNG.
W 2003 roku wycofano z produkcji wersję 120M wyposażoną w standardowy silnik Mielec SWT 11/300/1. Pod koniec tego samego roku zaprezentowano model M120MM/3 wyposażony w silnik MAN D0836DUH03. Oprócz zastosowanej jednostki napędowej model ten charakteryzował się zmodernizowanym nadwoziem ze ścianą czołową oraz tylną przejętą z modelu M101I. W następnym roku do produkcji skierowane zostały identycznie od strony stylistycznej modele 120M/3 oraz nowy M120I. Ostatnią wersją serii 120M był wprowadzony do produkcji w 2006 roku Jelcz M120M/4 CNG.
Od 1993 roku istniała możliwość zamówienia tego modelu z nadwoziem o układzie drzwi 2-0-2, a od 1999 roku również z układem 2-2-0.
Jelcz 120M z trzeciej serii produkcyjnej (lata 1997-2003) bywa często mylony z Jelczem 120M/3 z analogicznej serii produkcyjnej (lata 1999-2003), różnica jednak polega na tym, iż 120M także z tej serii charakteryzuje się silnikiem WSK Mielec SWT 11/300/1 podczas gdy Jelcz 120M/3 wyposażony jest w jego ekologiczną odmianę- silnik WSK Mielec SWT 11/302/1, nadwozie obu pojazdów z tych lat pozostaje takie samo.