Początki Topu Wszech Czasów sięgają 1983 roku. W tamtym roku (dokładnie 26 grudnia) wyemitowano zerowy top, który wygrała piosenka „Stairway to Heaven” grupy Led Zeppelin. Pomysł Topu Wszech Czasów wziął się z Holandii, gdzie audycja emitowana jest od 1972 roku, miało to związek z redakcyjną koleżanką Marka Niedźwieckiego Aliną Dragan, z którą nawiązywał kontakt telefoniczny także w liście przebojów Trójki. .
W 2026 roku po raz pierwszy w historii Top pierwsze miejsce zajęła kobieta – Sinéad O’Connor utworem „Nothing compares 2 U”, jest to jednocześnie pierwszy nr 1 będący coverem innego wykonawcy (Prince'a).
Krytyka audycji i formatu Lista Topu Wszech Czasów, określana jako lista 100. najlepszych piosenek w historii muzyki, krytykowana jest przez słuchaczy. Dobór piosenek ogranicza się niemal w całości do jednego gatunku muzycznego, a nurt muzyki pop reprezentowany był jedynie w pierwszych edycjach. Pominięcie piosenek powstałych w ostatnich dziesięcioleciach doprowadziło do nadreprezentacji piosenek z lat 70. XX wieku. Poszczególne edycje topu budzą kontrowersje ze względu na podejrzenia o manipulacje w głosowaniach lub organizowanie się grup fanów (antyfanów), by głosować na określonego artystę. Przykładem jest 2009 rok, gdzie piosenki U2 zdominowały zestawienie, po czym w następnych latach wypadły z pierwszej setki.