W lutym 2009 Václav Klaus przemawiał w Parlamencie Europejskim, gdzie wyraził swoje poparcie dla idei Unii Europejskiej. Zadał również pytanie, czy decyzyjność w Brukseli nie stała się zbyt scentralizowana, a ówczesny wygląd integracji określił jako dogmat, który nie podlega możliwościom krytyki i zmiany. Wyraził również pogląd, że instytucjonalny charakter UE nie jest celem samym w sobie, lecz są nimi wolność i dobrobyt obywateli (wyrażony poprzez wolny rynek). Wskazał na odchodzenie od demokratycznych standardów poprzez wybieranie rządzących poprzez biurokrację, a wzmocnienie centralizacji jego zdaniem niosło niebezpieczeństwo dla krajów członkowskich. Część z europosłów na znak protestu opuściła salę obrad.
Zmiana klimatu Publicznie negował teorię o wpływie człowieka na globalne ocieplenie. Skrytykował też Międzyrządowy Zespół ds. Zmian Klimatu jako w jego ocenie grupę upolitycznionych naukowców z jednostronnymi opiniami i zadaniami.