Po dwuletniej okupacji radzieckiej, w czerwcu 1941 roku miasto zajęli Niemcy. 21 grudnia 1941 roku okupanci utworzyli getto. Przeszło przez nie ok. 6 tys. Żydów. 2 listopada 1942 roku ok. 5 tys. Żydów z Krynek wywieziono do obozu przejściowego w Kiełbasinie pod Grodnem. Getto szczątkowe zlikwidowano 24 stycznia 1943 roku. Kryneccy Żydzi trafili do obozu zagłady w Treblince.
Między 21 a 24 lipca 1944 roku wojska 35 Korpusu Strzeleckiego 3 Armii Radzieckiej dowodzone przez generała majora Wiktora Żołudiewa toczyły walki o zdobycie umocnionego węzła obrony niemieckiej w Krynkach i okolicach. W trakcie inspekcji pierwszej linii atakujących wojsk pojazdy dowództwa korpusu dostały się pod ogień niemieckiej artylerii w wyniku czego poległ dowódca korpusu i kilkunastu towarzyszących mu oficerów i żołnierzy. W wyniku walk 35 Korpus Strzelecki wsparty przez siły 40 Korpusu Strzeleckiego generała porucznika Władimira Kuzniecowa zdobył miasto.
Zniszczone w większej części miasto nigdy nie odzyskało dawnej świetności. W 1950 roku odebrano mu prawa miejskie, które przywrócono w 2009 roku (INFOR, fotokopia).. Mieszkańcy Krynek trudnią się głównie rolnictwem. Miejscowość jest znana w regionie z produkcji wody źródlanej.