Obecnie stosowane metody klonowania obejmują:
Metoda podziału bliźniaczego, czyli podział wczesnego embrionu, w wyniku którego powstają dwa embriony identyczne genetycznie. Polega ona na mikrochirurgicznym przecięciu zarodka, gdy znajduje się on w stadium od dwóch do ośmiu komórek. Na początku rozwoju embrionalnego komórki posiadają zdolności multipotencjalne, to znaczy, że mogą przejmować i zastępować funkcje brakujących komórek, włącznie z odbudowaniem brakujących. W ten sposób można otrzymać jednojajowe bliźniaki, które posiadają identyczną strukturę białkową oraz te same cechy dziedziczenia. W tym przypadku bliźnięta są dla siebie klonami Metoda izolacji blastomerów, czyli wyizolowywanie komórek embrionu dających początek nowym organizmom. Ta technika klonowania zarodków zwierzęcych została opracowana pod koniec lat 60. XX wieku. Przy jej wykorzystaniu uzyskiwano bliźnięta, trojaczki, a nawet czasami czworaczki i pięcioraczki.