Działalność szpiegowska thumb|Maszyna „Sprach-Morse-Generator” wykorzystywana w NRD przy nadawaniu stacji numerycznych thumb|Amatorski odbiornik wysokiej klasy z lat 60. służący do odbioru audycji na falach krótkich thumb|Współczesny amatorski odbiornik audycji na falach krótkich Początków nadawania stacji numerycznych nie da się ustalić z całą pewnością. Według danych organizacji Conet Project, zajmującej się analizowaniem działalności stacji numerycznych, istnieją one już od czasów I wojny światowej. Stawiałoby to radiostacje numeryczne pośród najstarszych radiostacji na świecie. Podczas II wojny światowej BBC wysyłała kodowane wiadomości do agentów specjalnych. Działalność stacji numerycznych nasiliła się w okresie zimnej wojny; po jej zakończeniu liczba tego typu radiostacji zmniejszyła się.
Najpoważniejsze przypuszczenia odnośnie do zastosowania radiostacji numerycznych dotyczą ich wykorzystania w komunikacji szpiegowskiej. Do szyfrowania i deszyfracji przekazu miałby służyć klucz jednorazowy, co pozwala na zminimalizowanie ryzyka odszyfrowania przekazu przez wroga. Po ważnych politycznie i przełomowych wydarzeniach, takich jak np.