W czerwcu 1985 został wraz z Mirosławą Grabowską i Robertem Mroziewiczem aresztowany i osadzony w areszcie śledczym Warszawa-Mokotów, skąd wyszedł na wolność w listopadzie tego samego roku, po czym śledztwo przeciwko niemu zostało umorzone we wrześniu 1986 na mocy ówczesnej amnestii. W latach 1985–1990 należał do kierownictwa Niezależnej Oficyny Wydawniczej. Wraz z Jackiem Trznadlem i Andrzejem Osęką wydał oświadczenie popierające strajki z 1988..
Stopień doktora habilitowanego uzyskał w 1990 na Wydziale Historycznym Uniwersytetu Warszawskiego, na podstawie rozprawy: Nacjonalizm ekonomiczny – szansa czy hamulec rozwoju. Przypadek Europy Środkowo-Wschodniej w okresie międzywojennym.
Redaktor naczelny (1990–1999) i dyrektor naczelny (1998–1999) Wydawnictwa Naukowego PWN.
W latach 1989–1990 wchodził w skład Komitetu Obywatelskiego przy Przewodniczącym NSZZ „Solidarność” Lechu Wałęsie, od lutego do kwietnia 1989 uczestniczył w obradach Okrągłego Stołu w podzespole ds. środków masowego przekazu. W latach 1990–1991 zasiadał w Radzie Krajowej ROAD, następnie działał w Unii Demokratycznej (1991–1994) i Unii Wolności (1994–1997). Od 1993 do 2007 był prezesem zarządu Polskiej Fundacji Spraw Międzynarodowych.