Ameryka Środkowa Od 1848 do 1863 roku Bourbourg rozpoczął misję misjonarską w całym Meksyku i państwach sąsiedzkich. Podróże te wykorzystywał do gromadzenia informacji na temat historii starożytnej Mezoameryki. W latach 1857–1858 opublikował historię starożytną cywilizacji Azteków, Histoire des nations civilisées du Mexique et de l'Amérique Centrale, w której, według współczesnych, zawarł wiele kontrowersyjnych lub zmyślonych informacji.
Prowadził również badania nad miejscowymi językami i ich przekładami na język łaciński. Między 1861 a 1864 rokiem wydał owoc owych tłumaczeń oraz opublikował zbiory dokumentów w rodzimych językach alfabetem łacińskim. W 1864, jako archeolog, został przydzielony do ekspedycji francuskiego wojska do Meksyku. Rezultatem tego, była praca Monuments anciens du Mexique opublikowana przez rząd Francji w 1866 roku.