Od 1996 pełnił funkcję sekretarza stanu w Kancelarii Prezydenta RP, a od lutego 1997 był szefem Biura Bezpieczeństwa Narodowego. Ponownie powołany na to stanowisko w grudniu 2000, sprawował je do czerwca 2004. W 2000 ujawniono epizod powitania prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego na lądowisku w Ostrzeszowie z września 1997. Marek Siwiec po wyjściu ze śmigłowca ucałował ziemię i uczynił znak krzyża. Zostało to odebrane jako parodiowanie zachowania papieża Jana Pawła II. Zdjęcia z tego wydarzenia były wykorzystywane przez komitet wyborczy Mariana Krzaklewskiego w trakcie kampanii prezydenckiej. Prokurator umorzył postępowanie w przedmiocie znieważenia i obrazy uczuć religijnych.
Od stycznia 2005 do czerwca 2006 pełnił funkcję przewodniczącego Stowarzyszenia „Ordynacka”. Był członkiem komitetu wyborczego Włodzimierza Cimoszewicza w wyborach prezydenckich w 2005. Został członkiem Rady Fundacji YES (Yalta European Strategy), przewodniczącym Stowarzyszenia European Friends of Israel, członkiem Global Leadership Council Colorado State University. Zasiadał także w radzie Fundacji Aleksandra Kwaśniewskiego „Amicus Europae”.