Kariera trenerska Wigry Suwałki Sezon 2006/2007 Karierę trenerską rozpoczął Stokowiec w Wigrach w sezonie 2006/2007, gdzie był grającym trenerem. Zespół objął w przerwie zimowej, gdy drużyna była w bardzo poważnym zagrożeniu spadkiem. Za jego kadencji zespół punktował znacznie lepiej (uzyskał 22 na możliwe 45 punktów), dzięki czemu Wigry pewnie utrzymały się w III lidze (była ona wówczas 3. szczeblem rozgrywek w Polsce). Widzew Łódź W 2007 roku dołączył do sztabu szkoleniowego Widzewa, gdzie był koordynatorem grup młodzieżowych, a także asystentem m.in. Pawła Janasa. Z Widzewa odszedł na własny wniosek po sezonie 2009/2010. mały|Piotr Stokowiec w Polonii Warszawa (2010)
Polonia Warszawa Sezon 2010/2011 Latem 2010 roku, razem z Janasem przeszedł do Polonii Warszawa, gdzie został jednym z trenerów w sztabie José Mari BakeroSkarb kibica. Liga polska. Część 2. Ekstraklasa - jesień 2010/11, 6 sierpnia 2010, str. 100-103. Po zwolnieniu Baska ponownie został asystentem Janasa, a potem Theo Bosa. Gdy Józef Wojciechowski zdymisjonował tego ostatniego, powołał Stokowca na stanowisko trenera, początkowo tymczasowo, potem na okres dłuższy. Poprowadził drużynę w jednym meczu (przegranym z Widzewem Łódź), a następnie został zastąpiony przez Jacka Zielińskiego.