W 6 n.e. został wysłany przez Oktawiana do Germanii, uznanej przez Rzymian jako spacyfikowanej. Jako namiestnik miał zapewnić porządek i zaprowadzić rzymską jurysdykcję w niedawno podbitej prowincji. W 9 n.e. stacjonował w obozie nad Wezerą z trzema legionami (XVII, XVIII i XIX). Tam otrzymał wieści o rozszerzającej się rewolcie nad Renem i ruszył ze swoją armią, aby zdławić buntowników. Pomimo ostrzeżeń o możliwym spisku Arminiusza, który był zromanizowanym księciem germańskiego plemienia Cherusków oraz dowódcą pomocniczych oddziałów jazdy, zaufał germańskiemu wodzowi, przez co dał się wciągnąć w pułapkę zastawioną przez Germanów.
We wrześniu w trzydniowej bitwie w Lesie Teutoburskim Rzymianie ponieśli druzgocącą klęskę. Trzy legiony zostały rozgromione, a sam Warus popełnił samobójstwo. Utracono też orły legionowe, co było dodatkową ujmą na honorze Rzymian. Według Swetoniusza w Żywotach Cezarów (Boski August 23) w bezsenne noce Oktawian August chodził po korytarzach swojego pałacu wołając: Warusie, zwróć mi moje legiony (Quinctili Vare, legiones redde). Klęska w Lesie Teutoburskim była jedną z największych w historii Rzymu, pokrzyżowała plany Oktawiana względem Germanii i powstrzymała dalszy podbój tych ziem.