W styczniu 1983 roku administracja francuska formalnie zdelegalizowała organizację. We wrześniu tego roku z rąk FLNC zginął pierwszy cywilny funkcjonariusz Jean-Pierre Massimi.
Na przełomie 1989 i 1990 roku doszło do rozłamu we Froncie, grupa podzieliła się na FLNC-Canal Habituel (Alain Orsini) i FLNC-Canal Historique (François Santini, Jean-Michel Rosi)Terroryzm od Asasynów do Osamy bin Ladena s. 127-129. W kolejnych latach miejsce miały następne rozłamy co doprowadziło do dalszego rozdrobnienia FLNC na frakcje.
W lecie 1996 roku FLNC zorganizował nieudany zamach na Dominique’a Bucchiniego, będącego burmistrzem miejscowości Sartène. Bucchini znany był z wrogich FLNC poglądówTerroryzm w Europie Zachodniej s. 357-358. Wkrótce po nieudanym zamachu w Sartène doszło do kilkunastu zamachów bombowych, w których ucierpiały głównie budynki użyteczności publicznej (np. w nocy 2/3 lutego 1997 r.