Zniszczenia okresu napoleońskiego oraz przejście miasta pod panowanie pruskie przyczyniły się do zmiany statusu prawno-ekonomicznego Konotopu. Prawo Prus uzależniało posiadanie praw miejskich od spełnienia licznych warunków i obowiązków, na które Konotopu nie było stać. W efekcie Konotop utracił prawa miejskie. W drugiej połowie XVIII w. nastąpiły liczne zmiany właścicieli wsi. Od 1788 władali nią kolejno von Luckowie, von Rothenburgowie (do 1811), von Falkenhaynowie, von Kalckreuthowie i Foersterowie (od 1845). W XIX wieku infrastruktura części wiejskiej wyglądała następująco: browar, gorzelnia, 2 folwarki i 2 wiatraki, placówka poczty królewskiej, 67 domów. Część wiejską zamieszkiwało 476 ludzi. Część dominialna obejmowała: 2 wiatraki, 4 kuźnie, 3 piekarnie, 4 zakłady krawieckie, folwark, pałac i 62 domy. Część tę zamieszkiwało 471 ludzi (w tym 34 katolików). Majątek ziemski obejmował również okoliczne folwarki: Marienhof (obecnie Marianki), Mesche (obecnie Mesze) i Heinrichau (obecnie Strumiany). Rządy rodziny Foersterów przyczyniły się do rozwoju gospodarczego. W ich dobrach obejmujących około dwa tysiące hektarów ziemi, z czego 1500 ha stanowiły lasy, 375 ha grunty orne i 125 ha łąki, rozpoczęto meliorację łąk oraz wydobycie torfu.