Zostały one przejęte przez Niemców i wywiezione do Gdańska Oliwy, a następnie wykorzystane do likwidacji pracowników polskiego wywiadu, kontrwywiadu i ich współpracowników, a także polskich działaczy niepodległościowych.
Podczas powstania warszawskiego budynek znajdował się w strefie frontowej.
Po II wojnie światowej ponownie zajęło go wojsko. Znajdowały się tu m.in.: pracownia rzeźby, składnica map oraz magazyny mundurowe. Część pomieszczeń popadła w ruinę, a zachodnią kaponierę w znacznym stopniu rozebrano. Pomieszczenia po dawnej baterii zostały zalane wodą, co przyczyniło się do powstania legendy o rzekomym tunelu do Cytadeli.
W 1980 w tygodniku „Stolica” zaprezentowano projekt adaptacji fortu na cele kulturalne opracowany przez Pracownie Konserwacji Zabytków, oddział Zamek. Miały się w nim mieścić wielofunkcyjna sala widowiskowa z zapleczem, dom kultury z pracowniami i biblioteką, kawiarnia oraz Klub Kombatanta z salą wystawową. Alternatywnie rozpatrywano wykorzystanie fortu na siedzibę Muzeum Architektury, a całkowita kubatura obiektu po przebudowie miała wynieść 36 760 m³.
W 1996 fort został opuszczony i zdewastowany. Jednocześnie jego wnętrza wykorzystywano przy produkcji reklam (m.in. Ociec, prać?) i filmów (m.in.