Po 1865 wieża została zmodernizowana. Rów od strony wschodniej został zasypany. Między wieżą i Wisłą zbudowano ziemno-ceglaną baterię o zarysie odwróconej litery „L”, służącą do obrony przeprawy rzecznej. Od południa i zachodu wzniesiono ziemny stok bojowy, a przy bramie – ceglaną latrynę z nasypem ziemnym. Z najniższej kondygnacji przebito w kierunku południowo-wschodnim podziemny korytarz (z chodnikami kontrminowymi), prowadzący do półkaponiery w rowie baterii oraz do pomieszczenia w przeciwskarpie jej rowu. Fort został przezbrojony w działa nowego typu.
Po utworzeniu Twierdzy Warszawa fort stracił znaczenie strategiczne. W latach 1905–1906 i w 1909 mieściło się tu więzienie.
Przez okres zaboru rosyjskiego fort nosił nazwę „Włodzimierz” (ros. „Владимир”). Po rozbrojeniu w 1914 roku w okresie I wojny światowej przechowywano w nim akta porosyjskiego Archiwum Warszawskiego Okręgu Wojskowego. Fort znajdował się pod słabym nadzorem i okoliczna ludność rozkradała zgromadzone tu akta na opał, w konsekwencji czego w lutym 1919 miał tu miejsce pożar.