w tym samym roku nakazał dzielić wszelką żywność pomiędzy Indian, których nawiedziła plaga głodu.
W 1560 został wyznaczony na przeora klasztoru w Merida. Tam w 1562 Landa był bohaterem wydarzeń znanych jako auto-da-fé, które na zawsze położyły cień na jego osobę. Kilkoro dzieci indiańskich znalazło ukryte w pieczarach ołtarze starych majańskich bogów. Fakt ten spowodował aresztowanie przez franciszkanina grupy Indian i poddanie ich torturom. W mieście Maní na Jukatanie, spalił on ogromną liczbę ksiąg Majów, rozbił ich ołtarze i posągi bożków. Niektóre relacje podają liczbę 5000 rozmaitych bożków, 13 wielkich kamieni służących za ołtarze i 27 zwojów ze znakami i hieroglifami Majów. Sam Diego de Landa w swoim dziele pisał: „znaleźliśmy dużą ilość ksiąg, a że wszystko w nich było przesądem i fałszerstwem spaliliśmy je, co wielkie cierpienie im (Indianom) sprawiło i napełniło wielkim smutkiem”. thumb|left|250px|Pomnik Diego de Landa w Izamal