Zamek posiada piwnice, które służyły jako magazyny żywności i więzienie; w ich części znajdowały się również piece do ogrzewania zamku ciepłym powietrzem. Obecnie część piwnic pod skrzydłem wschodnim przeznaczona jest na sale ekspozycyjne (elementy architektury ogrodowej i armaty z herbami biskupów). W pomieszczeniach parteru głównej bryły zamku znajdowały się: w skrzydle zachodnim kuchnia, w północnym browar i piekarnia, we wschodnim magazyny żywnościowe, w południowym zbrojownia i szkoła dla chłopców pruskich.
Dziedziniec lidzbarskiego zamku ze względu na krużganki przypomina dziedziniec Królewskiego Zamku na Wawelu. Z dziedzińca przechodzi się po kamiennych schodach (z początków XVII wieku) na główną kondygnację, gdzie znajdują się pomieszczenia reprezentacyjne.
thumb|XIX-wieczna litografia przedstawiająca zamek i nieistniejący pałac biskupa Wydżgi
Postanowieniem II pokoju toruńskiego Warmia została przyłączona do Polski i od tej pory aż do 1795 lidzbarski zamek był nie tylko siedzibą biskupów warmińskich, ale także ważnym ośrodkiem kultury polskiej, dzięki takim osobom, jak: Jan Dantyszek, Marcin Kromer, Andrzej Batory, Jan Stefan Wydżga, czy Ignacy Krasicki, któremu zamek zawdzięcza piękne ogrody.