Kościół został rozbudowany w latach 1892–1896, kiedy to od strony wschodniej dobudowano neogotyckie trójnawowe bazylikowe prezbiterium, nową zakrystię i kruchty boczne.
Wnętrze thumb|left|Nawa główna W kościele Św. Apostołów Piotra i Pawła przeważa wyposażenie neogotyckie, chociaż zachowała się część starszych zabytków.
Ołtarze thumb|left|Ołtarz główny W kościele już w XVI w. było dziewięć ołtarzy. Obecny neogotycki ołtarz główny pochodzi z pierwszego dwudziestolecia XX w. Ozdobą tego ołtarza jest rokokowa balustrada wykonana przypuszczalnie przez Schmidta z Reszla i posągi dwóch aniołów przypisywane Perwangerowi z Tolkmicka. W zwieńczeniu ołtarza bocznego w zakończeniu nawy południowej znajduje się grupa św. Anny Samotrzeciej z ok. 1500 r. W ołtarzu tym znajduje się obraz MB Śnieżnej z XVII w. zakryty srebrną sukienką. W lidzbarskiej farze z ołtarzy bocznych znajdujących się przy filarach dwa zasługują na uwagę. Ołtarz (przy trzecim filarze od prezbiterium, między nawą środkową a południową) z XVII w. z obrazem św. Walentego uzdrawiającego chorego – obraz malowany przez Meyera, oraz równoległy ołtarz po stronie północnej św. Michała Archanioła fundowany przez biskupa warmińskiego Szyszkowskiego.