Początkowo kościół Najświętszego Serca Jezusowego był filią parafii św. Jakuba. Pieczę nad nim sprawował dziekan olsztyński ks. Józef Tischner. 1 lutego 1904 r. ordynariusz skierował do Olsztyna czwartego wikariusza i zezwolił, by zamieszkał w domu należącym do beneficjum różańcowego. W 1906 ustanowiono odrębnego kuratusa. Decyzja o wydzieleniu nowej parafii zapadła w 1908 r. Biskup warmiński Andrzej Thiel mianował przy nowo zbudowanym kościele kuratusa (samodzielnego duszpasterza, ale jeszcze bez praw proboszczowskich). Decyzje o powstaniu samodzielnej parafii władze kościelne podjęły w 1914 r. Oficjalne ustanowienie samodzielnej parafii Najświętszego Serca Jezusowego ze strony kościelnej nastąpiła 15 maja 1916 roku. W dokumencie erekcyjnym dokładnie określono granice, dochody proboszcza i duszpasterz pomocniczych oraz przynależność dekanalną. Władze państwowe zatwierdziły tę decyzję 20 października 1916 r.
Plebanię (przy obecnej ul. Kopernika) budowano w 1906 i 1907 r. Dom parafialny przy obecnej ul. Mickiewicza zbudowano w latach 1934–1936. Projekt przygotował i kierował pracami architekt August Wiegand.