W tym okresie nadal czynnie działał na rzecz odzyskania niepodległości Polski. W 1887 opublikował najgłośniejszy swój tekst polityczny broszurę Rzecz o obronie czynnej i o skarbie narodowym (Paryż 1887). Miłkowski poddał w niej bezwzględnej krytyce politykę, którą określił jako obronę bierną, a która jego zdaniem zrodziła się z panicznego strachu, jaki opanował serca i umysły Polaków po klęsce powstania styczniowego. On właśnie stał się przyczyną pojawienia się „adwokatów bojaźni”, czyli zwolenników ugody z zaborcami, którzy chcieli bronić polskość tylko przez pracę organiczną, prowadzoną „w granicach prawem przepisanych”. Za tą postawą poszły „wywody przeciwko liberum conspiro” oraz wezwania do przeciwdziałania nastrojom powstańczym. To wszystko zdaniem Miłkowskiego doprowadziło ideę „obrony biernej” do „poniżenia ostatecznego”. Tym bardziej, że ze strony zaborców taka postawa Polaków nie przyniosła zakładanych przez ugodowców celów. W odpowiedzi na nią Prusy zadekretowały gromadne z ziemi polskiej Polaków wygnanie, Moskwa zaostrza ukazy mające na celu doszczętne żywiołu polskiego zgniecenie, Austria coraz to łaskawiej i gruntowniej rujnuje Polskę ekonomicznie i intelektualnieZygmunt Miłkowski, Rzecz o obronie czynnej i skarbie narodowym, Paryż 1887..