Jako prezydent podejmował działania na rzecz ograniczenia korupcji. Zapoczątkował zmiany w prawie wyborczym, opracował plan zwiększenia produkcji energii elektrycznej oraz zmian w przemyśle naftowym i gazowym. W celu wzmocnienia bezpieczeństwa wewnętrznego zaangażował się w proces rozwiązania konfliktu w Delcie Nigru. W 2009 przedstawił walczącym tam ugrupowaniom ofertę amnestii i rozbrojenia, z której skorzystało w sumie ok. 20 tys. bojowników. W polityce zagranicznej skupiał się główne na sprawach afrykańskich i regionalnych. W 2008 doprowadził do zakończenia sporu granicznego z Kamerunem. W 2009, jako przewodniczący ECOWAS, angażował się w procesy normalizacji sytuacji w Gwinei i Nigrze.
Z powodów zdrowotnych w listopadzie 2009 został hospitalizowany w Arabii Saudyjskiej. Przeciągająca się nieobecność oraz brak dokładnych informacji o stanie zdrowia przyczyniły się do powstania kryzysu konstytucyjnego i niejasności w procesie transferu władzy. Ostatecznie, 9 lutego 2010 parlament pełniącym obowiązki szefa państwa mianował wiceprezydenta Goodlucka Jonathana. Do kraju powrócił pod koniec lutego 2010, nie przejął jednakże obowiązków prezydenta;