Własną karierą Jones zajął się późno, bo dopiero pod koniec lat dziewięćdziesiątych. Jego pierwszą solową płytą była Zooma (1999), wychwalana przez krytyków muzycznych. Jest to dzieło niełatwe w odbiorze – kompletny brak wokalu, muzyka oparta na ścieżce różnego rodzaju gitar basowych, które to instrumenty John Paul opanował do perfekcji. W podobnym tonie utrzymany jest The Thunderthief, drugi album Jonesa z 2001 roku, choć widać tu pewne zmiany, jak na przykład wprowadzenie śpiewu.
John Paul Jones zakończył niedawno produkcję ostatniego albumu zespołu The Datsuns. W chwili obecnej udziela się w trio Them Crooked Vultures.
Najczęściej używane instrumenty gitary basowe: 1963 Fender Jazz Bass – ulubiony bas Jonesa, używany do 1977; 1951 Fender Telecaster Bass – w użyciu od 1973; Fender Fretless Precision Jazz Bass – gitara bezprogowa, wykorzystywana głównie w 1972; Fender Bass V – bas pięciostrunowy; Alembic 4-String Bass – w użyciu od 1977; Alembic 8-String Bass – ośmiostrunowy instrument; Framus Stand Up Bass – bas stojący. instrumenty klawiszowe: Hammond M-100 (organy Hammonda) – używane w nagraniach do pierwszych albumów Led Zeppelin; Hammond C3 (organy Hammonda) – w użyciu od 1970-1975; Hohner Electra-Piano (pianino elektryczne) – wykorzystywane w studio; Mellotron M-400 (Melotron); Yamaha GX-1 Synth