27 sierpnia 1589 odbudowany kościół został ponownie konsekrowany przez Cypriana, bpa metońskiego, sufragana wileńskiego (konsekracja ołtarza wielkiego nastąpiła 25 sierpnia 1607 r.). 24 września 1604 r. Bernardyni objęli również za zgodą bp łuckiego Marcina Szyszkowskiego służące dotąd parafii tykocińskiej kościół św. Marka i klasztor na Nowym Mieście.
Krzysztof Wiesiołowski, starosta tykociński (1613–1637), jako wotum za ocalenie życia króla Zygmunta III, który w listopadzie 1630 r. chronił się tu przed morowym powietrzem, wzniósł w kościele bernardyńskim ołtarz św. Sebastiana.
W XVIII w. wody Narwi podmywające budowle zmusiły do przeniesienia klasztoru z kępy bernardyńskiej. Pozostały tam obecnie jedynie szczątki fundamentów.
Klasztor z XVIII w. Nowy klasztor został ufundowany w 1771 r. przez hetmana Jana Klemensa Branickiego. Usytuowano go w południowej części Tykocina (obecnie ul. Klasztorna) na miejscu dworu Zygmunta Augusta, wykorzystując niektóre elementy tego dworu. Miał tu powstać również kościół klasztorny Nawiedzenia NMP, jednak planu tego nigdy nie zrealizowano. W jego miejscu, w centrum dziedzińca na żeliwnym cokole ustawiono w 1861 r. wyrzeźbioną w piaskowcu figurę Niepokalanego Poczęcia NMP. Realizację fundacji Branickiego utrudniła jego śmierć.