Latem 1994 ponownie zmienił przynależność klubową i przeniósł się na jeden sezon do Stuttgarter Kickers, grającym w Regionallidze. W klubie z Badenii-Wirtembergii w 32 meczach strzelił aż 37 goli zostając królem strzelców ligi. Wyczyn ten zaowocował transferem do drugoligowego Waldhofu Mannheim, w którym Akpoborie spędził rundę jesienną sezonu 1995/1996.
Zimą 1996 Akpoborie w końcu trafił do pierwszej ligi stając się bohaterem transferu do Hansy Rostock. W Hansie zadebiutował w 18. kolejce ligowej, 24 lutego w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z Borussią Dortmund i przyczynił się do zwycięstwa swojego zespołu strzelając drugiego gola. W barwach Hansy spisał się całkiem udanie i swoimi 6 golami wspomógł drużynę, która zajęła najwyższe w historii, 6. miejsce w lidze. Sezon 1996/1997 był dla Jonathana także udany, gdyż zdobył aż 14 goli, a z Hansą utrzymał się przed spadkiem (14. pozycja).
Latem 1997 Akpoborie zainteresowały się czołowe kluby w Niemczech. Ostatecznie Nigeryjczyk został piłkarzem VfB Stuttgart, gdzie miał wspomóc w ataku Fredi Bobicia. Zdobył 10 goli dla Stuttgartu będąc trzecim po Bobiciu i Krasimirze Bałakowie strzelcem zespołu. Stuttgart zakończył sezon na 4. pozycji.