Od 1989 do 2000 przewodniczył Słoweńskim Chrześcijańskim Demokratom, którzy w 2000 połączyli się ze Słoweńską Partią Ludową. W tym samym roku Lojze Peterle wziął jednak udział w tworzeniu odrębnego ugrupowania pod nazwą Nowa Słowenia-Chrześcijańska Partia Ludowa. Od 1990 sprawował mandat poselski do krajowego Zgromadzenia Narodowego. Był przedstawicielem Słowenii w Konwencie Europejskim. Od maja do lipca 2004 był europosłem V kadencji w ramach delegacji krajowej. W 2004 uzyskał mandat deputowanego do Parlamentu Europejskiego VI kadencji z ramienia Nowej Słowenii.
W 2007 wystartował jako kandydat niezależny w wyborach na urząd prezydenta Słowenii, otrzymując poparcie 3 z 4 ugrupowań rządzącej koalicji centroprawicowej, tj. Nowej Słowenii, Słoweńskiej Partii Demokratycznej oraz Słoweńskiej Partii Ludowej. 21 października, w pierwszej turze, zajął pierwsze miejsce z wynikiem 28,7% głosów. W drugiej turze z 11 listopada przegrał znacząco z Danilem Türkiem, uzyskując 31,7% głosów.
W wyborach europejskich w 2009 uzyskał reelekcję do Europarlamentu ponownie z listy NSi. Przystąpił do grupy Europejskiej Partii Ludowej.