W 1692 roku powstała także tymczasowa, drewniana kaplica fundacji Stanisława Linkauza. Budowa trwała bardzo długo z powodu błędów w projekcie ks. J. Ciołkoszewicza, które doprowadziły do pęknięć w stropie budynku, jak również z powodu braku funduszyKoszt budowy ponosił Stanisław Mateusz Rzewuski, w 1728 cały ciężar budowy przejął wojewoda podolski i hetman wielki koronny Wacław Rzewuski.. Rozmiary kościoła po ukończeniu wynosiły 26 metrów długości i 15 metrów szerokości. Także z powodów finansowych świątynia po ukończeniu nie miała jeszcze ołtarza głównego, a do nabożeństw wykorzystywano ołtarze boczne. W 1867 przebudowano wnętrze wykonując ołtarze boczne i główny, pracami kierował ks. Andrzej Krasuski. Znacząca przebudowa miała miejsce w latach 1889–1894, dobudowano wtedy nawy boczne i wieże, nadając budynkowi neobarokowy wygląd. Do kościoła sprowadzono wtedy organy z Warszawy i wykonano nową ambonę. Przebudowa miała miejsce gdy proboszczem był ks. Konstanty Bieńkowski. Autorem projektu nowej fasady był architekt Karol Kozłowski.
Oryginalne dzwony zostały wywiezione przez Rosjan podczas I wojny światowej.
W 1960 roku kościół wpisano do rejestru zabytków.