Do historii przeszedł jego manewr wyprzedzania na torze Laguna Seca, gdzie na słynnym zakręcie nazywanym korkociągiem wyprzedził odważnym manewrem Bryana Hertę na ostatnim okrążeniu wyścigu.
W 1997 roku nie miał już sobie równych, wygrał 5 wyścigów i mistrzostwo serii. Nie przeszkodził mu nawet wypadek na treningach przed siedemnastym i ostatnim wyścigiem sezonu na torze Fontana, który wykluczył go ze startu w tym wyścigu (już wtedy miał zapewniony tytuł mistrzowski). Rok 1998 to potwierdzenie wysokiej formy wygraniem siedmiu wyścigów (sezon składał się z 19 rund) i kolejny tytuł mistrzowski. Po tym sezonie przeniósł się do Formuły 1.
Powrót do Formuły 1 W 1999 roku wystartował w zespole Williams. Trafił jednak na słabszy okres tego utytułowanego zespołu, zaś sam Zanardi w sezonie nie zdobył żadnego punktu i po sezonie rozwiązano z nim kontrakt.
Powrót do Champ Car W roku 2000 nigdzie nie startował. Testował jedynie bolid zespołu Mo Nunn Racing i ostatecznie zdecydował się z nim podpisać kontrakt na starty w sezonie 2001.
15 września 2001 roku podczas wyścigu Champ Car na torze Lausitz w Niemczech Alex miał poważny wypadek z kanadyjskim kierowcą Alexem Taglianim, i został przewieziony do szpitala w Berlinie, gdzie walczył o życie.