Jednostka jest również przewidziana do użycia w wypadku powstania sytuacji kryzysowych w kraju np. oczyszczanie terenu z przedmiotów wybuchowych i niebezpiecznych, udział w akcjach przeciwpowodziowych czy likwidacja skutków awarii przemysłowych i klęsk żywiołowych.
Saperzy 5pinż tworzą 1 Patrol rozminowania. Celem patroli jest usuwanie niewybuchów i niewypałów.
Struktura organizacyjna Struktura w 2018: dowództwo i sztab kompania dowodzenia 1 batalion inżynieryjny 2 batalion inżynieryjny batalion logistyczny kompania pontonowa grupa zabezpieczenia medycznego patrol saperski nr 1
Dowódcy pułku płk Stanisław Białek (2001 – 2002) płk Mirosław Pstrokoński (2002 – 2006) p.o. ppłk. Artur Talik (II 2006 – V 2006) p.o. ppłk Jacek Kwiatkowski (V 2006 – VII 2006) płk Jerzy Szcześniak (VII 2006 – IX 2011) płk Jacek Kwiatkowski (2011 – 02 X 2017) cz.p.o. ppłk dypl. Piotr Bednarczyk (2 X 2017 – 12 III 2018) płk dypl. Piotr Bednarczyk (12 III 2018 – 27 IX 2019) ppłk mgr inż. Jerzy Łuszczykiewicz (27 IX 2019 – 9 XII 2019) płk mgr inż. Mariusz Ochalski (9 XII 2019 – 4 III 2022) ppłk Adam Trzaszczka (4 III 2022 – 4 IV 2022) płk mgr inż.