Odbudowa Odbudowa ogrodu miała miejsce w latach 2006–2007 i kosztowała 6 mln złotych, z czego 1/3 stanowiły fundusze unijne. Inicjatorami odbudowy byli lokalni wykładowcy uniwersyteccy oraz miłośnicy przyrody (głównym liderem była Liga Ochrony Przyrody w Zielonej Górze).
Odbudowany ogród zajmuje znacznie mniejszą powierzchnię niż pierwotne założenie sprzed II wojny światowej. Na części terenu przedwojennego ogrodu zbudowano bowiem budynki szkolne. Do tego w ramach odbudowy ogrodu zbudowano dwa pawilony na cele techniczne i administracyjne.
Poza tym ogród został odtworzony według pierwotnych założeń z 1925 r. Odtworzono m.in. oczko wodne i alpinarium z roślinami górskimi charakterystycznymi dla Karkonoszy, nad rowami przerzucono mostki. Ogród jest podzielony na tzw. strefy roślinne, w których można podziwiać okazy z różnych kontynentów, ale też charakterystyczne dla tutejszego regionu oraz rośliny użytkowe, np. lebiodka majeranek czy tymianek.
Uroczyste otwarcie obecnego ogrodu odbyło się w dniu 17 października 2007 r. Po utworzeniu ogrodu miasto przekazało go w zarząd Uniwersytetowi Zielonogórskiemu.