W latach 1914–1915 okolice twierdzy były polem ciężkich zmagań między wojskami rosyjskimi a niemieckimi i austro-węgierskimi. Sama twierdza jednak została opuszczona w tych samych dniach, co inne umocnienia rosyjskie na zachodzie Cesarstwa. 4 sierpnia 1915 roku do twierdzy wkroczyły wojska niemieckie.
Losy po 1915 r. W okresie międzywojennym cytadelę obsadzało Wojsko Polskie, zaś w większości fortów kontynuowano prace rozbiórkowe. W Dęblinie i jego rejonie mieściły się bardzo ważne magazyny wojskowe (w Stawach) oraz słynna szkoła lotnicza.
W roku 1939 wielkie tempo niemieckiej ofensywy nie pozwoliło zorganizować obrony Wisły na tym odcinku. Tragicznym dowodem na błędy popełnione w tym okresie przez stronę polską jest wysadzenie wspomnianej składnicy w Stawach. Zniszczone zostały wtedy ogromne ilości sprzętu wojennego, w tym około 200 tysięcy karabinów.
W czasie okupacji na terenie twierdzy mieścił się obóz jeniecki. W 1944 roku w rejonie Dęblina toczyły się bardzo ciężkie walki między wojskami radziecko-polskimi a niemieckimi. Na terenie twierdzy znajduje się cmentarz żołnierzy Armii RadzieckiejZapal świeczkę w niedzielę na mogiłach Rosjan, Gazeta Wyborcza Lublin, 7 maja 2010..