W roku 1987 decyzją parlamentu sieć sprywatyzowano i podzielono na szereg firm, określając ją jako grupa Koleje Japońskie (Japan Railway Group).
Większość torów ma rozstaw 1067 mm.
Skład grupy JR Koleje pasażerskie East Japan Railway Company (東日本旅客鉄道, Higashi-Nihon Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR East, JR東日本, JR Higashi-Nihon, zatr. 58 550 (2015), 17 mln pasażerów dziennie (2014), siedziba główna w Tokio West Japan Railway Company (西日本旅客鉄道, Nishi-Nihon Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR West, JR西日本, JR Nishi-Nihon, zatr. 29 152, 5,2 mln pasażerów dziennie (2017), siedziba główna w Osace Central Japan Railway Company (東海旅客鉄道, Tōkai Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR Central, JR東海, JR Tōkai, Nagoja Hokkaido Railway Company (北海道旅客鉄道, Hokkaidō Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR Hokkaido, JR北海道, JR Hokkaidō), Sapporo Shikoku Railway Company (四国旅客鉄道, Shikoku Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR Shikoku, JR四国, JR Shikoku, Takamatsu Kyushu Railway Company (九州旅客鉄道, Kyūshū Ryokaku Tetsudō, w skrócie: JR Kyushu, JR九州, JR Kyūshū, Fukuoka
Koleje towarowe Japan Freight Railway Company (日本貨物鉄道, Nihon Kamotsu Tetsudō, w skrócie: JR Freight, JR貨物, JR Kamotsu, Tokio