W roku 1680 wybuchło powstanie Indian Pueblo (w tym także Koczitów) przeciwko Hiszpanom, którzy prześladowali wyznawców dawnych religii, sprzedawali ich w niewolę, zmuszali Indian do odrabiania pańszczyzny, a ich ziemie poddawali rabunkowej gospodarce hodowlanej, co prowadziło do erozji gruntów, a w konsekwencji do głodu. Jednym z przywódców powstania był wódz Koczitów Antonio Malacate. Indianie zabili wielu hiszpańskojęzycznych najeźdźców, ale nie wymordowali wszystkich pozwalając niedobitkom uciec do El Paso. Obawiając się kontrakcji Hiszpanów Koczitowie opuścili swe pueblo i do roku 1692 zamieszkiwali ufortyfikowane miejsce zwane Potrero Viejo. Jedynie puebla Taos, Picuris, Isleta i Acoma pozostały zamieszkane.
Hiszpanie pojawili się ponownie i odbili Santa Fe w roku 1692, ale od tego czasu ich rządy nie były już tak restrykcyjne. Nie zmuszano już Indian do niewolniczej pracy i zaczęto tolerować ich wierzenia. Generalnie wiek XVII był dla Indian Pueblo wiekiem ospy i ponawianych najazdów Komanczów, Ute i Apaczów. Zdarzało się, że walczono wspólnie (Hiszpanie i Pueblo) przeciwko koczowniczym plemionom. Zapoczątkowano też mieszane małżeństwa, co doprowadziło do wykształcenia się nowej – nowomeksykańskiej – „narodowości”.