Już jego następca odetnie się od związków z papiestwem i zaniecha ceremonii w wiecznym mieście.
Fryderyk III popierał Krzyżaków, był zwolennikiem likwidacji Związku Pruskiego i represjonowania jego przywódców, czym przyczynił się do wybuchu wojny trzynastoletniej (1454–1466) pomiędzy Polską a Zakonem. Wojna, wbrew nadziejom cesarza, zakończyła się polskim zwycięstwem i poddaniem państwa krzyżackiego feudalnemu zwierzchnictwu Korony polskiej (II pokój toruński w 1466). Fryderyk pozostał militarnie bierny wobec tego konfliktu.
Podczas panowania Fryderyka III, w 1471 Sejm Rzeszy w Ratyzbonie uchwalił zakaz prowadzenia wojen prywatnych, co miało zaprowadzić pokój wewnętrzny i bezpieczeństwo w Niemczech i ułatwić normalny rozwój gospodarczy kraju po chaosie epoki Luksemburgów. Nie udało się jednak tego postanowienia wyegzekwować, Niemcy nadal trwały w zamęcie walk pomiędzy książętami, miastami i innymi podmiotami politycznymi. W 1488 powstał Związek Szwabski, oddolna inicjatywa zrzeszająca książąt Rzeszy, rycerstwo i miasta regionu, której zadaniem było strzeżenie pokoju krajowego w południowych Niemczech.