Kiedy jednak po zdetronizowaniu Augusta II okazało się, że Karol XII nie zamierzał słuchać we wszystkim rad kardynała i doprowadził do wyboru posłusznego sobie wojewody poznańskiego Stanisława Leszczyńskiego, postanowił zerwać współpracę ze Szwedami.

Uciekając przed wojskami Augusta II z Warszawy, schronił się w Gdańsku, skąd obserwował walki między władcami zabiegającymi o jego poparcie. Odmówił ukoronowania Leszczyńskiego i próbował ponownie zawrzeć porozumienie z Augustem II, ale śmierć uniemożliwiła mu realizację tego zamysłu. Pod koniec życia był świadkiem klęski swoich planów i zamysłów politycznych, które zakładały walkę ze wzrastającą w potęgę Rosją Piotra I Wielkiego o utracone ziemie na Wschodzie. Oglądał także ruinę przez lata nagromadzonych majątków oraz walczył z próbami pozbawienia go przez Augusta II godności prymasa.

Mecenat thumb|Pałac w Radziejowicach thumb|upright=1.1|Rezydencja prymasa Radziejowskiego – Pałac Czapskich – obecnie budynek główny ASP, projekt Tylman z Gameren Był jednym z największych mecenasów sztuki epoki polskiego baroku. Utrzymywał okazały dwór i zatrudniał najlepszych działających w Polsce artystów takich jak: architekt Tylman z Gameren i malarz Michelangelo Palloni.