wziął udział w sesjach nagraniowych kilku albumów, w tym bestsellerowego The Healer (1989) Johna Lee Hookera, Paths to Greatness (1992) zespołu Caribbean Allstars i Amen (1991) Salifem Keïtą.
W styczniu 1991 wystąpił w duetach z Djavanem i Gilberto Gilem na festiwalu Rock in Rio II, a w listopadzie tego samego roku zagrał w parku Golden Gate w San Francisco podczas koncertu ku pamięci swojego tragicznie zmarłego promotora, Billa Grahama. W tym okresie napisał także dwie piosenki dla Johna Lee Hookera „Stripped Me Naked” z albumu pt. Mr Lucky (1991) i „Chill Out”, tytułowy utwór z płyty wydanej w 1995. Jesienią 1994 wydał, pod szyldem własnej wytwórni Guts & Grace Music, album pt. Santana Brothers, który nagrał ze swoim bratem, Jorge Santaną, i siostrzeńcem, Carlosem Hernandezem. W latach 90. nagrał piosenki z innymi muzykami: „Get Down” (1995) z Juniorem Wellsem, „Spanish Castle Magic” ze Stanleyem Clarkiem i Tonym Williamsem. Wziął udział również w sesjach nagraniowych z afrykańskimi muzykami: Babatunde Olantunjim, Morym Kanté i Angélique Kidjo, a także zagrał trasę koncertową po Francji z zespołem Touré Kunda. W 1996 zagrał koncert na North Sea Jazz Festivalu w Hadze. Pod koniec lat 90.