Po zjednoczeniu Niemiec zaplanowano kolejną przebudowę dworca i znajdujących się pod jego halą łuków Stadtbahn. Architekci Robert Paul Niess i Rebecca Chestnutt zaproponowali odsłonięcie zamurowanych w czasach NRD łuków estakady kolejowej i umieszczenie tam sklepów i punktów usługowych. W 1995 rozpoczęto przebudowę, do roku 1996 zastąpiono perony nowymi, zbudowanymi od podstaw, a 12 marca 1998 oficjalnie otwarto odnowiony dworzec. Odtąd przy drugim peronie wyspowym zatrzymują się pociągi regionalne i przyspieszone, InterCity i ICE przejeżdżają przez stację bez zatrzymania. Pod halą dworca znajdują się poza sklepami centrum obsługi pasażerów S-Bahn oraz centrum podróży (zespół kas i informacji) Deutsche Bahn.
Stacja metra thumb|left|Peron w tunelu D – linia U8 thumb|left|Perony w tunelu E/F – linia U5
Stacja metra Alexanderplatz jest jedną z największych stacji berlińskiej kolei podziemnej, obsługując linie U2, U5 i U8. Stacja ma rzut litery H, przy czym U2 zatrzymuje się na peronie we wschodniej hali, U8 w zachodniej hali, zaś U5 w położonej głębiej hali poprzecznej, w której przewidziane jest miejsce dla jeszcze jednej linii (tunel F).