W 1812 roku przystąpił do Konfederacji Generalnej Królestwa PolskiegoDziennik Konfederacyi Jeneralnej Królestwa Polskiego. 1812, nr 1, s. 4.. Wtedy też spowodował mianowanie swego syna Aleksandra członkiem tymczasowego rządu litewskiego. W czasie odwrotu Napoleona spod Moskwy ewakuował się za Fryderykiem Augustem do Drezna.
Po bitwie pod Lipskiem (1813) został aresztowany przez Rosjan, do Wilanowa wrócił w 1814. W 1815 brał udział w redagowaniu tekstu Konstytucji Królestwa Polskiego i przyjął kierownictwo Wydziału Oświecenia Narodowego Rządu Tymczasowego (później Komisji Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego). Na tym stanowisku dążył do rozwoju szkolnictwa elementarnego. Przyczynił się także do utworzenia Uniwersytetu Warszawskiego. W lipcu 1818 został prezesem Senatu, popadając w czasie pełnienia tej funkcji w konflikt z sejmową opozycją kaliską. W 1820 popadł również w konflikt z polskim episkopatem na tle antyklerykalnej publikacji Podróż do Ciemnogrodu (1820). Po interwencji polskich biskupów katolickich u króla Aleksandra I Romanowa został zdymisjonowany 9 grudnia 1820 ze stanowiska ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia PublicznegoHalina Winnicka, Wizerunki oświeconych. Państwowe Zakłady Wydawnictw Szkolnych Warszawa 1972, s. 114,115..