Departament WOP i jednostki ochrony pogranicza zreorganizowano we wrześniu 1946. Rozwiązano wydziały WOP w okręgach wojskowych oraz kompanie łączności przeznaczone do obsługi wydziałów, podporządkowując oddziały ochrony pogranicza bezpośrednio Departamentowi WOP. Oddziałom ochrony pogranicza nadano nazwy regionalne. W departamencie sformowano Wydział Polityczno-Wychowawczy, Węzeł Łączności i służby pomocnicze. Stan etatowy Departamentu WOP po reorganizacji wynosił 96 wojskowych i 17 pracowników kontraktowych. 1 października 1946 Departament WOP przyjął funkcję dowodzenia oddziałami ochrony pogranicza. Zaopatrzenie pozostało w gestii okręgów wojskowych. Powołany został nowy 12 Oddział WOP. Oddział ten przejął od 4 Oddziału trzy komendy odcinków – w Lęborku, Sopocie i Elblągu. 3 Oddział OP w Szczecinie przekazał 4 Oddziałowi 15 komendę odcinka w Międzyzdrojach, zatrzymując dla siebie rejony Bałtyku w okolicach Świnoujścia i Zalewu Szczecińskiego.
Na granicy południowej 8 Oddział w Przemyślu przejął od 9 Oddziału 38 i 39 komendę odcinka. Dla dawnych i przeformowanych oddziałów WOP ustalono nowe nazwy, pochodzące głównie od miejsca ich postoju. Po reorganizacji liczba etatów uległa zmniejszeniu o ponad 5 tysięcy. Stan etatowy kadry uległ zmniejszeniu o ponad 36%.