Praca naukowa Chełchowski już w wieku 14 lat rozpoczął współpracę z redakcją Słownika Geograficznego Królestwa Polskiego, opracowując kilka haseł. W latach następnych badał stosunki etnograficzne Mazowsza Płockiego, szczególnie jego części północnej i Kurpiów. W „Wiśle” zamieścił m.in. Materiały do etnografii ludu z okolic Przasnysza (1888) oraz Stosunki etnograficzne w powiecie przasnyskim (1893, na podstawie własnej pracy Stosunki etnograficzne w guberni płockiej ogłoszonej w Kalendarzu Płockim na rok 1891). Najważniejszą pracą etnograficzną Chełchowskiego są Powieści i opowiadania ludowe z okolic Przasnysza, zebrane w osobnym wydawnictwie biblioteki Wisły jako tomy V i VI (1889-90). Zawierają one 86 bajek spisanych w gwarze, z zachowaniem odrębności poszczególnych bajarzy i są wysoko cenione także przez współczesnych badaczy folkloru polskiego.
Chełchowski był autorem kilku broszur popularyzujących wiedzę rolniczą (m.in. O uprawie owsa dla użytku gospodarzy rolnych 1898, Nasze wzorowe gospodarstwa włościańskie, 1899, Rolnictwo w organizacji samorządu, 1906) oraz szeregu artykułów zamieszczonych w Gazecie Rolniczej (także jako jej wydawca), Gazecie Cukrowniczej czy Encyklopedii Rolniczej. Był też w komitecie redakcyjnym Roczników Nauk Rolniczych.