W okresie międzywojennym w miejscowości stacjonowała placówka Straży Granicznej I linii „Czorsztyn”. W 1932 r. Wanda Kossecka założyła w Czorsztynie pracownię, w której uczyła lokalne tkaczki tkania kilimów i gobelinów. Był to pierwszy warsztat, w którym tkano kilimy na Podhalu. Po wojnie pracownia została włączona do Cepelii, tworząc prace na eksport.
1 września 1939 r. Czorsztyna przed wkraczającymi wojskami słowackimi bronił pluton z batalionu KOP „Żytyń”, który wobec przewagi wroga musiał tego samego dnia wycofać się.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Czorsztyn. W 1973 r. reaktywowano gminę Czorsztyn. W latach 1975–1998 miejscowość położona była w województwie nowosądeckim. W tym okresie został rozpoczęty i ostatecznie zrealizowany plan budowy zbiornika retencyjnego znanego obecnie jako Jezioro Czorsztyńskie (Zbiornik Czorsztyński). Powstanie owego zbiornika zamknęło historię starego Czorsztyna mieszczącego się u podnóża Zamku Czorsztyńskiego oraz rozpoczęło historię nowego Czorsztyna powstałego z rozbudowy Czorsztyna Nadzamcze.