W chwili startu odpalono jednocześnie wszystkie silniki (pięć): marszowy (o ciągu 27 ton), dwa startowe (o ciągu po 68 ton każdy) oraz dwa służące do korekt trajektorii podczas lotu. Rakieta została wyprodukowana w oddziale astronautycznym zakładów zbrojeniowych General Dynamics. Rakietę nośną kapsuły Mercury, dostarczono na przylądek Canaveral 30 listopada 1961, gdyż NASA miała nadzieję, że misja MA-6 odbędzie się jeszcze w tym samym roku kalendarzowym, co pierwszy w historii lot załogowy na orbitę – radziecki Wostok 1. Wcześniejszy start nie był jednak możliwy z powodów technicznych.
Kapsuła Produkcja kapsuły Mercury nr 13, użytej w locie Mercury-Atlas 6, rozpoczęła się w maju 1960 w zakładach firmy McDonnell Aircraft Corporation w St. Louis. Miała długość niecałe trzy metry i prawie dwa metry średnicy u podstawy, masę niemal dwie tony i jako wersja orbitalna różniła się od wcześniej używanych kapsuł. Do lotu w misji MA-6 wyznaczono ją w październiku 1960, a na Przylądek dostarczono ją 27 sierpnia 1961. Kapsuła i rakieta nośna stanęły na stanowisku startowym nr 14 w dniu 2 stycznia 1962.